Родился в России в семье обрусевших выходцев из Голландии. Член Церкви евангельских христиан-баптистов. Пастор и проповедник. Женат на Елизавете Васильевне Берг, дочери пастора общины меннонитов, близких по своему учению к евангельским христианам-баптистам, в районе Уфы. Приехал в Самару 1905 году после окончания библейских курсов. Служил помощником пресвитера и регентом хора, а с 1906 г. пресвитером баптистской общины в Самаре. Участник съезда русских баптистов в 1909 году в Ростове, на котором был избран председателем Молодежного союза русских баптистов. На Всероссийских съезде баптистов в 1910 году в Петербурге был избран членом правления Всероссийского союза баптистов. В ноябре 1910 года был арестован в Самаре, но вскоре освобожден. Впоследствии преследовался за веру и был выслан с территории Европейской части России. Выехал в Сибирь, затем на Дальний Восток, а в 1911 г. в Канаду. Участник Второго Всемирного конгресса баптистов в г. Филадельфия (США). Проживал в канадской провинции Саскачеван, где арендовал участок земли, чтобы крестьянским трудом содержать семью, а в свободное время проповедовать Евангелие среди переселенцев разных национальностей: русских, украинцев, белорусов, поляков. В 1918 г. на 3-м съезде Русского и Украинского Союза Евангельских христиан-баптистов (ЕХБ) в США в г. Скрентон (шт. Пенсильвания, США) избран председателем Союза. Затем вернулся на служение в Советскую Россию. В 1920 г. избирается председателем Дальневосточного союза евангельских христиан и в 1926 г. переезжает в Хабаровск. С 1922 года редактор дальневосточного журнала "Голос христианской молодежи". Подвергался преследованиям за веру со стороны советских властей, неоднократно был арестован. Осенью 1923 г. выехал в Китай, где продолжил служение среди славянских эмигрантов. Пастор и проповедник в Харбине. Организовал в Харбине библейские курсы. [Затем снова вернулся в СССР.] В 1928 году Я.Я.Винсу, как человеку, имеющему канадское гражданство, предложили покинуть СССР. С 1928 г. нес служение пресвитера в ряде городов Канады. Скончался в 1944 году.

Служение Якова Яковлевича Винса продолжили его сын П.Я. Винс и внук Г.П. Винс.