Родился 1 июля 1888 г. в станице Павловский Хоперского округа Донской области. В 1910 г. окончил семинарию в Новочеркасске и в том же году принял сан священника. Служил в станице Сершевской. Во время Первой мировой войны находился в составе 9-го Донского кавалерийского полка и в других военных частях. После Октябрьской революции в России присоединился к Белой армии. В марте 1920 г. в Евпатории поступил в армию генерала Врангеля, где работал полковым священником. В начале ноября 1920 г. с остатками врангелевских войск эвакуировался в Константинополь. В 1921-1928 гг. М. Попов проживал в болгарском городе Ломеч, где выполнял обязанности военного и приходского священника. 19 апреля 1928 г. переехал в Будапешт, и по указанию митрополита Евлогия (Георгиевского) стал настоятелем местного православного прихода. 29 октября 1931 г. о. Михаил Попов был освобожден от занимаемой должности. Перешел под юрисдикцию Русской Православной Церкви Заграницей (Карловацкого Синода ). В 1932 г. был арестован венгерскими властями и интернирован, сначала проживал в г. Хайдунамаш, а с 1935 г. - в г. Дебрецен. Занимался журналистикой, читал лекции в местном университете, где в то же время окончил философский факультет. В 1938 г. получил венгерское гражданство. По инициативе венгерского Министерства культов сделал попытку образовать Венгерскую Автокефальную Православную Церковь под омофором архиепископа Савватия (Врабеца). С 1940 г. – администратор Православной Церкви в Венгрии под омофором архиепископа Савватия (Врабеца) с возведением в сан протопресвитера. Архиепископ Савватий выступал с инициативой рукоположить протопресвитера Михаила Попова в епископы. 12 апреля 1941 г. регент Венгрии М. Хорти назначил протопресвитера Михаила Попова „администратором греко-восточных венгерских и греко-восточных русинских церковных частей”. 13 июня 1944 г. был арестован венгерской полицией по подозрению в крещении еврейских детей за большие взятки. В конце декабря 1944 г. о. Михаил Попов был выслан в Германию на принудительные работы. Во время этапа ему удалось бежать. Скрывался до прихода советских войск. 1 мая 1946 г. о. М. Попов написал письмо патриарху Московскому Алексию (Симанскому) с просьбой принять его под свою юрисдикцию как священника, или мирянина. В начале апреля 1947 г. о. М. Попов был арестован советскими органами госбезопасности в Будапеште. 9 сентября 1947 г. Закарпатский областной суд осудил его на 25 лет исправительно-трудовых лагерей. Для отбывания наказания М. Попова отправили в Воркуту, Коми АРСР. 19 октября 1955 г. из лагеря Мордовской АССР он написал жалобу в Москву, в которой сообщил, что в сентябре этого же года был освобожден досрочно и хлопотал о возвращении в Венгрию. Последующая его судьба неизвестна. Реабилитирован в 1992 г.