Родился 12 марта 1890 г. в селе Малые Горошки Житомирского повета в крестьянской семье. 14-летним мальчиком с благословения родителей ушел в Богоявленский монастырь Житомира, где в 1919 г. был пострижен в монашество. В 1925 г. архиепископом Василием (Богдашевским) рукоположен в сан иеромонаха. В 1932 г. возведен в сан архимандрита. 1 августа 1943 г. иерархией УАПЦ архиепископ Михаил (Хороший), архиепископ Геннадий (Шиприкевич) и епископ Владимир (Малец) в Елизаветграде (Кировограде) рукоположили отца Сергия (Охотенко) во епископа Мелитопольского . в юрисдикции Украинской Автокефальной Православной Церкви (УАПЦ), основанной митрополитом Поликарпом (Сикорским) (под эгидой Русской Православной Церкви Заграницей (РПЦЗ)). Выехал из Украины с отступающими немецкими войсками в Германию. Один из организаторов (в июне 1948 г.) церковного съезда в Констанце (Германия), на котором под эгидой РПЦЗ была основана Белорусская Автокефальная Православная Церковь (БАПЦ). Перешел из УАПЦ в Белорусскую Автокефальную Православную Церковь (БАПЦ) и был возведен в сан архиепископа. Первый предстоятель БАПЦ. В 1949 г. вместе с иерархией УАПЦ рукоположил во епископы БАПЦ Василия (Томащика), в результате чего в БАПЦ появился Собор епископов. Из Германии выехал в Австралию, где руководил приходами БАПЦ. В Австралии оказался в страшных условиях жизни, не имея порой достаточного количества хлеба. С целью увеличения количества приходов и благосостояния принимал в свою юрисдикцию общины Константинопольского Патриархата, что вызвало Томос Константинопольского Патриарха, заявившего, что Сергей (Охотенко) не является православным епископом и находится вне единства с Вселенской Церковью, а БАПЦ как Православной Церкви не существует. Скончался 2 октября 1971 г. в Австралии.