Родился в 1892 или в 1894 гг. в Киеве. Из семьи духовенства, сын священника. С детства обладал большим музыкальным талантом. Юношей пел у известного в свое время киевского регента А.А. Кошица. Окончил Киевскую духовную семинарию, два курса Киевской духовной академии и Киевскую консерваторию. После начала Первой мировой войны был мобилизован на фронт. Во время войны окончил военное училище с чином поручика. Служил офицером императорской и добровольческой армий. Одновременно регентовал в церковном хоре 129-го Бессарабского полка. Эмигрировал в Германию (1918), где организовал хор в лагере интернированных чинов Добровольческой армии и давал с хором концерты в Германии. Регент хора Св.-Елизаветинского храма в Висбадене (1920-1925). Состоял в юрисдикции митр. Евлогия (Георгиевского). В 1925 г. переехал в Париж. Регент митрополичьего хора и псаломщик Свято-Александро-Невского собора в Париже (1925-1947). Хор Н.П. Афонского проводил также публичные выступления и, в частности, в 1933 г. пел с Ф.И. Шаляпиным. В 1947 г. переехал в США. Уехал в США и принят в клир Северо-Американской Русской Митрополии (1949). Регент хора церкви в г. Саус-Ривер (США) (1947-1950), затем хора Покровского собора в Нью-Йорке (1950-1971) в юрисдикции Северо-Американской Русской Митрополии. Создатель и регент Русского национального хора и мужского хора "Капелла". Скончался 9 мая 1971 г. в Нью-Йорке.