Родился 4/17 июля 1881 г. в г. Проскурове Подольской губ. на Украине. Окончил гимназию в Киеве. Под влиянием Писарева стал атеистом в 15 лет. Окончил Киевский университет, где изучал естественные науки, психологию, философию. Вернулся в Церковь под влиянием Владимира Соловьева. Осенью 1905 г. вместе с профессорами Киевской духовной академии стал организатором Киевского религиозно-философского общества, в котором был заместителем председателя, а с 1911 г. председателем. В 1912 г. защитил диссертацию на степень магистра философии. Магистр философии Московского университета (1915). Профессор психологии Киевского университета (1915-1919). Участник Украинского церковного Собора (1919). Профессор философии Белградского университета (1920-1923). В 1923 г. принимал участие в работе первого организационного съезда Русского студенческого христианского движения (РСХД) в мест. Пшеров (Чехословакия). Председатель Бюро РСХД (1923-1962). Директор Русского педагогического института в Праге (1923-1926). Профессор Свято-Сергиевского православного богословского института в Париже (1926-1962), преподавал историю философии, психологию, апологетику и историю религий. Редактор альманаха "Вопросы религиозного воспитания и образования" (Ч. I-III) (Париж, 1927-1928) и "Бюллетеня религиозно-педагогического кабинета". Рукоположен в 1942 г. Декан Богословского института (1944-1947, 1949-1962). Протопресвитер. Доктор церковных наук (1948). Скончался 5 августа 1962 г. в Париже. Похоронен на кладбище Сент-Женевьев-де-Буа под Парижем.

Памяти протопресвитера Василия Зеньковского посвящен "Вестник РСХД" (1963. NN 66-67).