Родился 9 января 1920 г. в г. Грива (пригород г. Двинск (ныне Даугавпилс) б. Илукстского уезда Курляндской губернии (с 1920 г. - Латвия) в семье подрядчика по строительству. Брат свящ. Иакова Начиса. После революции в эмиграции в Латвии в связи с изменением государственных границ. Окончил Основную русскую школу и Двинскую правительственную русскую гимназию (1933-1938), помогал свящ. Николаю Жунде и брату, свящ. Иакову Начису за богослужениями. Участвовал в собраниях и кружках Двинского отделения РСХД, принимал участие в съезде РСХД в Эстонии (1938). В 1938 г. поступил в Латвийский университет, на православное отделение богословского факультета, где учился до 1940 г. В 1940-1941 гг. учительствовал в Салиенской школе Иллукстского уезда. С 1942 по 1944 гг. служил псаломщиком в составе Псковской духовной миссии на оккупированной территории СССР при брате, прот. Иакове Начисе на приходах в с.Выбор Новоржевского района, Псковском кафедральном Свято-Троицком соборе, Свято-Ольгинской церкви в Луге, с осени 1943 г. - в градском приходе Порхова. В феврале 1944 г. вместе с братом и другими латвийскими миссионерами эвакуирован в Ригу, с марта 1944 г. служил псаломщиком в Свято-Троицком соборе в Либаве (Лиепае), где священствовал о. Иаков. В декабре 1944 г. в числе многих жителей Латвии был вывезен из Курляндии в Германию, где помещен в лагерь в Кенингсберге. После взятия города в апреле 1945 г. Советской армией заключен в советский лагерь в Кенингсберге, затем перевезен в тюрьму г. Тапиау (Восточная Пруссия), позже - в Рязанский лагерь (ст. Пехлец), затем в Грозненский лагерь. Освобожден в апреле 1946 г. В Латвию вернулся в феврале 1947 г., работал в Даугавпилсе на предприятии «Хлебострой», затем на судостроительной верфи в Риге. 10 октября 1950 г. в Риге вновь арестован, перевезен в Ленинград. В заключении в Кирове (Вятке), затем в Инте (Коми АССР, 1951-1955). После освобождения 15 октября 1955 г. приехал к брату прот. Иакову, служившему священником в с. Кочпон, в окрестностях Сыктывкара (Коми). В 1956 г. поступил в Санкт-Петербургскую Духовную семинарию, реабилитирован (1957). В 1958 г. посвящен во диакона, в 1959 г. рукоположен во священника. В 1960 г. пострижен в рясофор в Виленском Свято-Духовом монастыре. В 1963 г. окончил Ленинградскую духовную академию со степенью кандидата богословия и оставлен в ней для преподавания. В 1963-1965 гг. - преподаватель Санкт-Петербургских духовных школ. В 1965 гг. пострижен в мантию с именем Кирилл. В 1965-1988 гг. служил священником в храмах Санкт-Петербургской епархии. Архимандрит (1976). Настоятель Покровской церкви в Егерской слободе под Ленинградом (1976-1989). с 1963 по 1965 гг. он преподавал в Ленинградских духовной академии и семинарии, позднее был назначен их духовником. С 1988 г. духовник Санкт-Петербургской епархии. В 1994-1995 гг. наместник Свято-Троицкой Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге. В 1996 году в связи с состоянием здоровья попросил освободить его от этой должности, но продолжал быть духовником Санкт-Петербургской духовной академии и семинарии и жил в академии. В последние годы жил при Воскресенском Новодевичьем монастыре Санкт-Петербургской епархии. Скончался 10 марта 2008 года в Воскресенском Новодевичьем монастыре. Похоронен на кладбище Воскресенского Новодевичьего монастыря.