Родился 9 ноября 1884 г. в г. Вятке в семье военного чиновника.
По окончании реального Казанского училища был послушником Казанского Спасского монастыря и поступил на миссионерские курсы при Казанской духовной академии по калмыцко-монгольскому отделению.
Затем поступил на миссионерское отделение Казанской духовной академии.
17 апреля 1907 г. пострижен в монашество, 6 мая рукоположен Преосвященным Иннокентием, б. Алтайским миссионером (потом епископом Благовещенским) в сан иеродиакона, а 9 мая того же года рукоположен в сан иеромонаха ректором Казанской духовной академии епископом Алексием.
В мае того же года, по благословению о. Иоанна Кронштадского, отправился миссионером на Камчатку.
Иеромонах (1907).
В 1910 г. основал Камчатское православное братство, имевшее отделения с отделениями в центре России - в Петербурге, Москве, Киеве и других городах, а затем Камчатскую духовную миссию.
Изучив на Камчатке тунгузский и корякский языки, о. Нестор перевел Божественную Литургию, частично Евангелие, составил словарь и разговорные вопросы и ответы на корякском языке.
На тунгузский язык перевел молитву Господню "Отче наш…", заповеди Моисея и заповеди Блаженства.
Игумен (1913). Архимандрит (1915).
В 1914-1915 гг. добровольно отправился на фронт, организовав санитарный отряд "Первая помощь под огнем врага".
Работал при Лейб-Драгунском полку в кавалерии и принимал участие в боях, за что имел боевые награды (в частности, наперсный крест на Георгиевской ленте и ордена с мечами Анны 3-й и 2-й степени, Св. Николая и др.).
Епископ Камчатский и Петропавловский (1916).
Участник Всероссийского Поместного Собора (1917-1918).
После революции за свою книгу "Расстрел Московского Кремля" был арестован большевиками и более месяца находился в заключении.
Ввиду военного положения через Киев, Одессу, Крым, Турцию, Сирию, Египет, Индию и Китай в 1919 г. добирается до Петропавловска Камчатского, где продолжает свое епископское служение до 1920 года.
После установления советской власти на Камчатке переехал в г. Харбин (Маньчжурия), где основал Камчатское подворье (1921), при котором
был организован Дом милосердия и трудолюбия.
Основал приюты для детей-сирот русской и китайской национальностей, приют для старцев-хроников,
слепых и больных калек, приют для юношей-наркоманов, приют глухонемых, дом для душевнобольных (умалишенных),
школы с различными прикладными искусствами: живописи и иконописи, рукоделия, шитья и кройки,
ремесел: столярных, ткацких, сапожной мастерской;
бесплатные столовые для бедноты, бесплатную амбулаторию, зубоврачебный кабинет в Доме милосердия.
В 1933 г. возведен в сан архиепископа.
В 1938-1939 гг. занимается миссионерской работой в Индии и на Цейлоне (Шри-Ланка), где вел переговоры о возможности принятия в православие христиан-яковитов.
В 1945 г. перешел под омофор Московской Патриархии и в том же году был назначен управляющим Харбинской епархией.
В 1946 г. был возведен в сан митрополита
и назначен правящим архиереем Харбинским и Маньчжурским,
патриаршим экзархом по Юго-Восточной
(по другим данным, по Восточной) Азии.
В 1948 г. после прихода советских войск в Китай был арестован
и содержался в лагере в мест. Явас (Мордовия).
После освобождения из лагерей 18 июля 1956 г. был назначен митрополитом Новосибирским и Барнаульским.
С 1958 г. на покое.
С 9 декабря 1959 г. (по другим данным, с 1958 г.) митрополит Кировоградский и Николаевский.
Скончался 22 октября (4 ноября) 1962 г. в Москве.
Похоронен в ограде храма Патриаршего Подворья Троице-Сергиевой Лавры в Переделкино.