Родился 29 июля 1865 г. в поместье Прилбичи Яворовского повета в польской аристократической семье. Граф. Учился дома и в г. Краков (Польша). Поступил на службу в австро-венгерскую армию, но по причине слабого здоровья через несколько месяцев оставил службу. Окончил юридический факультет Вроцлавского университета. В 1888 году получил степень доктора права. Послушник католического ордена Восточного обряда св. Василия (1886). В 1888 принял монашество, вступив в орден Святого Василия (базилиан). Посвящен в сан пресвитера в Перемышле (1892). С 22 августа 1892 года — священник в Перемышле, затем в Добромилах. Учился в иезуитской семинарии в Кракове, получив степень доктора теологии в 1894 г. С 20 июня 1896 г. игумен монастыря Святого Онуфрия во Львове. В 1899 г. был назначен епископом Станиславовским, суфраганом Львовской епархии. С 17 декабря 1900 г. митрополит Галицийский, архиепископ Львовский и епископ Каменец-Подольский (интронизация произошла 17.01.1901). Кардинал. Занимался политикой, был депутатом Галицийского сейма, австрийской Палаты Господ. Во время Первой мировой войны, когда после Галицийской битвы Львов был занят русскими войсками, митр. Андрей Шептицкий остался во Львове со своими прихожанами. 19 сентября 1914 он был арестован русскими военными властями по обвинению в антироссийской агитации и выслан в Россию. Находился в ссылке Киеве, Новгороде, Курске, а затем в заключении в Спасо-Евфимиевском монастыре в Суздале. Вскоре после февральской революции был освобожден Временным правительством. 29-31 мая 1917 созвал Собор Российской грекокатолической церкви (РГКЦ), назначив своим экзархом в России иеромонаха студита Леонида Федорова. Отличался гуманистическим и толерантным отношением к евреям. Известно, что во время «Дела Бейлиса» в октябре 1913 года митр. Андрей Шептицкий публично опроверг кровавый навет на евреев. В конце 1917 вернулся во Львов. После окончания Первой мировой и распада Австро-Венгрии поддерживал идею независимой западной Украины, за что арестовывался польскими властями. В начале Второй мировой войны встал на путь сотрудничества с немецкими оккупационными властями. В то же время, митр. Андрей Шептицкий выступал против уничтожения евреев, межнациональной розни и рискуя жизнью сам участвовал в спасении более сотни еврейских детей и нескольких семей еврейских раввинов, распорядившись укрывать их в своей резиденции, монастырях и церквях епархии (в том числе раввина Львова Давид Кахане, которого прятали в Соборе святого Юра). Активную помощь также оказывали крестьяне окрестных сел, предоставлявшие продукты питания, а также монахи и монашки, которые обеспечивали убежище раввинам и их семьям. В конце лета 1942 года Шептицкий организовал кампанию спасения евреев. Это, по большей части, были люди, бежавшие из гетто или из Янивского лагеря. 14 августа 1944 года 2000 еврейских детей были тайно вывезены в разные монастыри. Их прятали в криптах, в монастырских школах, детских приютах Львова и окрестностей, им были выданы фальшивые удостоверения о крещении. Митр. Андрей Шептицкий организовал подпольные группы людей, которые помогали прятать евреев. В этом участвовали монахи-студиты под руководством игумена Унивского монастыря архим. Климента Шептицкого, брата митрополита. Были разработаны специальные маршруты, которыми тайно переправляли евреев в Венгрию, где было более безопасно. Уже в январе 1942 Шептицкий вместе с другими общественно-политическими деятелями Украины направляет А.Гитлеру письмо-протест против немецкой политики на Востоке. Митр. А. Шептицкий был единственным представителем церкви в Европе, кто обратился с письмом Папе Римскому и лично к Гиммлеру, протестуя против геноцида евреев. В ноябре 1942 года митрополит, исходя из принципов христианских заповедей, пишет пастырское письмо «Не убей!», адресованное в первую очередь полякам и украинцам и призывавшее усмирить прекратить вражду между ними. Прямого отношения к формированию в 1943 г. дивизии СС «Галичина» митр. А. Шептицкий не имел, однако он делегировал каппеланов для ведения пастырской работы в этой дивизии. В своей полемике с инициатором создания дивизии бургомистром Львова В.Кубийовичем, призывал его обдумать политическую целесообразность и моральную ответственность такого шага. Предвидя гонения со стороны советских властей, митр. А. Шептицкий добился назначения своим преемником Иосифа Слипого, ректора Львовской богословской академии, и хиротонизировал его во епископа. Скончался 1 ноября 1944 г. во Львове. Похоронен в крипте Львовского митрополичьего кафедрального собора святого Юра.

В настоящее время проходит процесс его беатификации — причисления к лику блаженных Католической церкви.