Родился в семье священника. Сын протоиерея Василия Флоровского и брат протоиерея Георгия Флоровского. Окончил историко-филологический факультет Новороссийского факультета (1908). Студенческая работа о крестьянском вопросе в Уложенной комиссии 1767-1768 гг. была удостоена золотой медали и послужила основой первой монографии ученого (1910). Преподавал в Новороссийском университете. С 1916 г. профессор по кафедре русской истории. После революции - помощник заведующего областного архивного управления, директор Одесской публичной библиотеки. В 1922 г. выслан за границу. Первоначально жил в Праге. Преподавал в Русском юридическом факультете, Карловом университете. С 1929 г. член Славянского института в Праге. С 1933 г. доктор философии и профессор Карлова университета. В 1933-1945 гг. председатель Ученого совета Русского заграничного исторического архива. С 1936 г. доктор русской истории. В 1946 г. получил советское гражданство, но остался жить в Праге. В 1957 г. получил степень доктора исторических наук Чехословакии. Преподавал на философском факультете Карлова университета. Умер в Праге. Личный архив хранится в Славянской библиотеке в Праге и Архиве РАН (ф.1609).