Родился 15 мая 1896 г. в г. Двинск Витебской губернии (Западная Белоруссия) в старообрядческой семье на Старом Форштадте г. Двинска. Рано лишился отца и вынужден был помогать матери в хозяйственных делах. Однако стремление к знаниям привело к тому, что он закончил учительскую семинарию в г. Илуксте и сдал экзамен на должность народного учителя. Педагогическую деятельность начал там же, в Илуксте. После революции в эмиграции в Латвии в связи с изменением государственных границ. Параллельно с занятиями в школе он проводил большую просветительскую работу среди старообрядцев, читал лекции и писал статьи на тему народного духовного образования, был постоянным автором журнала "Щит веры". В годы 1-й мировой войны добровольцем (в чине прапорщика) ушел на фронт, затем во время гражданской войны сражался против большевиков в отряде князя Ливена и в Северо-Западной армии генерала Юденича. В 1920 г. возвратился в Двинск. В ноябре 1920 г. в Режице на 1-м Вселатвийском съезде старообрядцев был избран членом Центрального комитета по делам старообрядцев в Латвии. В 1920-1922 гг. представлял русскую общину в городской Думе г. Двинска, а осенью 1920 г. был избран депутатом I Сейма Латвии от старообрядческого списка. В Сейме защищал интересы как старообрядцев, так и “никониан”, протестуя против конфискации государством православных храмов и монастырей. По политическим воззрениям противостоял С.Р. Кириллову. Большое внимание уделял вопросам образования на русском языке (см. его статью "Поход против русского языка", опубликованную в 1934 г. в "Голосе Латгалии") и сохранения в Латвии русской культуры. В 1925 г. повторно был избран в Сейм (II созыва). При содействии Калистратова удалось улучшить положение русской общины в Латвии; в некоторых самоуправлениях Латгалии русскому языку был присвоен официальный статус, несколько русских общественных деятелей были назначены на важные государственные должности. Будучи депутатом III Сейма, Калистратов принимал активное участие в формировании бюджета, предлагая увеличить финансирование русским школам и пособия бедным ученикам. В конце 1920-х гг. он помог старообрядцам в мест. Новое Строение (Даугавпилс) завершить строительство общинного храма Рождества Пресвятой Богородицы и Святителя Николы. В 1930 г. начал издавать "Голос Латгалии" - общественно-политическое приложение к газете "Наш двинский голос" (ред. А.И. Формаков). После государственного переворота 15 мая 1934 г. Калистратов был арестован как оппозиционный политик и полгода находился в заключении в Лиепайском концлагере. По возвращении домой, будучи отстраненным от политической и общественной деятельности, работал учителем. После аннексии Латвии и установления советской власти в 1940 г. был назначен директором русской школы на Новом Строении в Даугавпилсе, но вскоре его арестовали органы НКВД как участника белого движения. Содержался в Даугавпилсской городской тюрьме, в которой с приближением фашистских войск к городу он был расстрелян 23 июня 1941 г. Ныне его прах покоится на старообрядческом кладбище Даугавпилса.

Имя М.А. Каллистратова вписано в "Книгу поминаний" 1-й Даугавпилсской (Новостроенской) старообрядческой общины. В Даугавпилсе действует Центр русской культуры, который носит название "Дом Каллистратова".