Родился 21 января 1869 г. в Выборге в семье полковника, командира Двинского полка. Образование получил в классической гимназии, далее окончил шведский лицей в Генсильгфорсе, вдвадцатилетнем возрасте поступил послушником в Троице-Сергиеву Пустынь Санкт-Петербургской епархии, в 1897 г. встречался с о. Иоанном Крондштадтским. Первый начальник Корейской Миссии архимандрит Амвросий Гудко предложил Алексееву место диакона миссии. В этом же 1897 г. послушник Алексей принимает монашеский постриг с именем Николай, получает хиротоию в сан иеродиакона и отправляется на Дальний Восток. Алексеев первым из русских миссионеров прибыл в Корею в начале 1899 г. В 1900 г. второй начальник - архимандрит Хрисанф Шетковский благополучно приехал в Корею. В 1901 г. иеродиакон Николай Алексеев удостаивается посвящения в сан иеромонаха, хиротония состоялась в Троице-Сергиевой Пустыни. Иеромонах Николай Алексеев 17.04.1903 г., в сослужении с начальником Миссии, принял участие в торжественном богослужении по случаю освящения Никольского храма в Сеуле.

С 1904 по 1906 гг. происходит вынужденный перерыв в работе Миссии, из-за начавшейся русско-японской войны. Отец Николай Алексеев, вместе с другими русскими клириками, покинул Сеул. Они нашли временный приют в соседнем Китае. Миссионеры перебрались в Шанхай, где было отделение Пекинской Православной миссии. Спустя некоторое время иеромонах Николай Алексеев получает приглашение продолжить свое служение на Камчатке. Епископ Петропавловский Нестор Анисимов, возвращаясь из России в свою епархию, посетив китайские города Гонконг и Шанхай, в 1918 г. был в Харбине.

С 1922 г игумен Николай Алексеев исполнял должность благочинного и настоятеля кафедрального собора в г. Петропавловске, позднее он также вынужден был оставить место своего служения и отправиться в Маньчжурию. На двадцать пятом году священнослужения 13/26 ноября 1925 г. Указом Архиерейского Синода Русской Православной Церкви Заграницей Алексеев возведен в сан архимандрита, возведение совершено епископом Нестором Камчатским в Харбине. Далее священник бы направлен в г. Цинанфу в Восточном Китае. Продолжительное служение дало о. Николаю громадный опыт и знание стран, людей и нравов Дальнего Востока, включая и Японию, которую ему приходилось посещать неоднократно. Работая долгие годы на Дальнем Востоке, русский миссионер не мог не быть знакомым со своими собратьями - европейскими миссионерами. Тем более, будучи образованным, интеллигентным человеком, он не лишен был любознательности и общей культуры. Архимандрит Николай в совершенстве знал финский, шведский и норвежский; блестяще изучил корейский и китайский, знал также японский, немецкий, французский и английский, а также греческий и латинский.

Архимандрит Николай Алексеев решается на серьезный шаг, он присоединяется к Католической Церкви, и продолжает свое пастырское служение среди соотечественников, как священник восточного обряда. В 1927 г. отец Николай удалился в монастырь францисканцев в г. Цинанфу, в следующем году переехал в Пекин, где Апостольский Делегат архиепископ Константини присоединил его к Католической Церкви. Алексеев, до 1947 г. продолжил служение в созданном им русском католическом приходе византийского обряда в честь святителя Николая в Шанхае. В 1947 г, проездом через Париж он был направлен в Аргентину, 1,5 года прожил в местном католическом монастыре Сан Мигель. Русская католическая община в Аргентине торжественно отметила пятидесятилетний юбилей своего духовника архимандрита Николая Алексеева 15 июля 1951 г. В церкви святых первоверховных апостолов Петра и Павла (Church of the Holy Apostles Peter and Paul: Mision rusa, Guemes 2962, 1425 Buenos Aires), прошло торжественное богослужение.

С 1951 г. архимандриту Николаю Алексееву в Аргентине стал помогать священник Георгий Коваленко. Скончался 23 апреля 1952 г. в возрасте 82-х лет, похоронен на кладбище монастыря Сан Мигель, Колегио Максимо.