Родился в 17 апреля 1850 г. в г. Видзы (Западная Белоруссия) в семье старообрядца федосеевского согласия. Вначале обучался по Псалтыри и Часовнику дома в родном местечке, затем служил в причте Виленской (певец, 1870-1878) и Бобруйской (головщик, 1878-ок. 1896 гг.) старообрядческих общин. В 1896 - ок. 1906 гг. церковный деятель в Пскове, где уже с позиций поморца (признавал церковные браки, хотя сам был неженат) начал полемизировать с другим беспоповским согласием - федосеевским. К псковскому периоду его жизни относятся и первые дошедшие до нас стихотворения, имеющие ярко выраженный религиозно-дидактический характер. Литературные навыки помогла обрести христианская литература, по преимуществу труды отцов Церкви, древнерусские и отчасти религиозные и научные сочинения XIX в., хотя в его поэтическом творчестве прослеживается и фольклорная традиция (духовные стихи). Однако С. Егупенок, подражая традиции смирения отцов Церкви, о себе и своем творчестве отзывался с подчеркнутой скромностью. В конце 1890-х гг. в предисловии к рукописному сборнику своих сочинений, изданному спустя тридцать лет в Вильно, он писал о себе: "малограмотный смиренный старец". В 1901 г. участвовал в местном съезде наставников в Вильно. В 1906-1915 гг. наставник Виленской старообрядческой общины. Участник предсоборного совещания духовных отцов и начетчиков, состоявшегося 25-28 февраля 1909 г. в Москве и обсуждавшего вопросы, предложенные на рассмотрение 1-го Всероссийского собора христиан-поморцев, приемлющих брак. Участвовал в этом соборе (1-12 мая 1909 г.), где был избран в Духовную комиссию и Духовный суд Совета Всероссийских соборов и съездов поморцев, приемлющих брак.

Во время 1-й мировой войны Егупенок эвакуировался в глубь России. После революции в эмиграции в Польше в связи с изменением государственных границ. После возвращения в Вильно снова был избран наставником Виленской общины (1918-1934) (всего прослужил в Виленской общине почти 25 лет). По словам современников, Егупенок был блестящим проповедником и собеседником; слышавшие его отмечали особое тепло, неотразимую силу, искреннюю простоту и убедительность его проповедей и бесед. Понимая значение религиозно-просветительской работы среди молодежи, принимал самое деятельное участие в беседах, проводимых Религиозно-просветительским кружком молодежи при Виленкой общине. Кроме пастырской деятельности в многотысячной Виленской общине, в 1925-1934 гг. был активным членом президиума Высшего Старообрядческого Совета в Польше и членом Духовной комиссии. Занимал одно из виднейших и ответственных мест на двух Всепольских съездах (соборах) старообрядцев (1925, 1930 гг.), в 1930-х гг. преподавал курсы церковного устава и богослужения на педагогических курсах по подготовке старообрядческих вероучителей в Вильно.

Проявил себя как даровитый и глубокий духовный писатель. Перу принадлежит не одни духовные стихи, среди его произведений - статьи "О власти духовной", "О духовных наставниках", о вопросах брака, о белокриницкой иерархии и единоверии. Отдельный том могли бы составить послания и ответы на запросы старообрядческих общин и личные письма прихожан. Егупенок оставил немалое творческое наследие, которое в настоящее время понемногу воскресает из забвения и ждет своего исследователя. Скончался 15 марта 1934 г. в Вильно (Польша). В связи с его смертью Б.А. Пимонов писал в некрологе: "... с кончиной отца Симеона Федоровича старообрядчество утратило видного, стойкого и ученого духовного деятеля, авторитетного знатока канонических правил, священного Писания, истории Церкви и старообрядчества". С.Ф. Егупенок похоронен на старообрядческом кладбище в Вильно (ныне Вильнюс).

Основное сочинение С.Ф. Егупенка “Книга глаголемая нравоучение, его добропобедная и венценосная творения духовного отца нашего первонастоятеля Симеона” - рукопись, составленная в 1928 г., хранится в Отделе редких книг и рукописей Литовской национальной библиотеки им. М. Мажвидаса (Вильнюс).