Родился 30 октября 1879 года в Курской губернии в семье псаломщика. Младший брат митрополита Елевферия (Богоявленского). Образование получил в Курской духовной семинарии и в Санкт-Петербургской духовной академии, которую окончил в 1904 году по первому разряду со степенью кандидата богословия. В академии учился одновременно со своим старшим братом Димитрием (будущим митрополитом Елевферием). Женат на Марии Николаевне Богоявленской. Воспитатель Санкт-Петербургского Александро-Невского духовного училища (1904). Рукоположен во священника в 1905 году. Настоятель церкви в г. Ямбург (1905). Протоиерей. В 1915 году был удостоин степени магистра богословия за диссертацию "Значение Иерусалимского храма в ветхозаветной истории еврейского народа". Автор ряда статей и книг, принимал активное участие в создании "Православной богословской энциклопедии", выходившей в предреволюционные годы в Петербурге сначала под редакцией профессора А.П.Лопухина, а после его кончины - профессора Н.Н.Глубоковского. Священствовал в гг. Гдов, Гатчина, Кронштадт. В 1919 году эмигрировал в Эстонию, взяв с собой святыни Гатчинского собора: Филермскую икону Божией Матери, десницу Иоанна Предтечи и часть Животворящего Креста Господня, которые были привезены в Россию при императоре Павле I (впоследствии эти святыни были отправлены из Эстонии в Копенгаген к вдовствующей императрице Марии Федоровне). В Таллинне служил сначала в Александро-Невском соборе (по другим данным, был настоятелем собора), а после 1936 года в храме свв. Симеона и Анны. Преподавал Закон Божий в ряде учебных заведений Таллинна. В 1920-х гг. разработал учебное пособие по преподаванию Закона Божия для русских детей в эмиграции. Активно участвовал в работе Русского Православного Студенческого Единения, возглавлял делегации на ряде съездов Единения, руководил работой семинаров. В течении многих лет он был благочинным, членом Нарвского епархиального совета и членом Синода Эстонской Автокефальной Православной Церкви (ЭАПЦ). С 1930 по 1940 гг. редактировал выходивший в Таллине журнал "Православный собеседник". В 1938 году основал трехгодичные богословско-пастырские курсы, в числе выпускников которых был, в частности, о. Михаил Ридигер, отец Святейшего Патриарха Алексия II. Во время Второй мировой войны обслуживал лагеря для беженцев и перемещенных лиц Клоога, Пылдкюла, Палдиски и Вильянди (Эстония). После окончания Второй мировой войны переехал в СССР. Со времени открытия Ленинградских духовных академии и семинарии в 1946 году был назначен ректором академии и семинарии, профессор Ленинградских духовных школ. Принимал активное участие в разработке учебной программы, в основу которой была положена система образования дореволюционных Петербургской академии и семинарии. После кончины супруги (в декабре 1946 года) о. Иоанн Богоявленский был пострижен в монашество с именем Исидор. Архимандрит (1947). Епископ Таллинский и Эстонский (1947). Скончался 18 декабря 1949 г. Похоронен на Александро-Невском кладбище в Таллине рядом со своим предшественником по кафедре архиепископом Павлом (Дмитровским).