Родился 20 июня 1865 г. в Гродненской губернии в семье священника. Учился в Жировицком духовном училище, а затем в Виленской духовной семинарии, которую успешно окончил в 1888 году. В 1889 г. был рукоположен в диаконы, затем во священники и назначен на приход в мест. Засимовичи Пружанского уезда Гродненской губернии. Через 4 года был переведен на вновь открытый приход в г. Йонава Каунасского уезда, где прослужил 8 лет. С 1901 г. стал клириком Каунасской св. Александра Невского церкви, назначен наблюдателем церковно-приходских школ. С началом Первой мировой войны вся семья о.Евстафия ушла в действующую армию. Его жена и дочь стали сестрами милосердия, а двое сыновей вольноопределяющимися в армии. Сам о.Евстафий перешел на службу в военное ведомство и был назначен священником 1-го Рыпинского пограничного полка, вместе с которым покинул Каунас в 1915 г. Участвовал в боевых походах до начала 1918 г. В армии был назначен благочинным пограничной дивизии. После демобилизации назначен в Трисвятский, а затем в Друйский приходы Виленской губернии. По поручению митрополита Елевферия (Богоявленского) в 1920 г. прибыл в Каунас и организовал временное Духовное правление, действовавшее до прибытия в Каунас архиепископа Елевферия в 1923 году. В 1920 г. был назначен представителем митрополита Елевферия в Литве. В межвоенный период проживал в Литве (Литовской республике). В сентябре 1921 года на Соборе духовенства и мирян «Ковенской Литвы» в Ковно (Каунасе) был избран председателем Ковенского церковного управления. Председатель Ковенского православного духовного правления (1921). В 1921 г. составил план по организации приходской жизни в Ковно (Каунасе). В том же году (по другим данным, в 1920 г.) был назначен настоятелем Каунасского (Ковенского) кафедрального собора и занимал эту должность до своей смерти. Заместитель председателя епархиального собрания Литовской епархии в Каунасе (февраль 1923 г.), на котором прот. Евстафий Калисский был избран членом епархиального совета Литовской епархии при архиепископе Елевферии. Благочинный Каунасского (Ковенского) благочинического округа. Постоянный редактор «Голоса Литовской Православной Епархии» (так с 1924 г. стали называться издававшиеся в Каунасе «Литовские Епархиальные Ведомости»). Один из учредителей Ковенского похоронно-благотворительного братства имени прпеподобного Серафима Саровского (1928). Член комиссии по строительству нового здания Кафедрального Благовещенского собора в г. Каунас (?) (Литва) (1932). Был также наблюдателем церковно-приходских школ епархии и делегатом миссионерских съездов. После окончания Второй мировой войны служил в Виленской епархии Московской Патриархии. Прослужил в священном сане 66 лет. Митрофорный протоиерей. Скончался 29 августа 1954 г. в Каунасе.