После революции в эмиграции в Литве в связи с изменением государственных границ. Наставник Комиссаровской (Пемпишкской) старообрядческой общины. Участник ряда Вселитовских съездов старообрядцев в Каунасе. Секретарь 4-го (1927) и 5-го (1930) Вселитовских съездов старообрядцев. В 1930 г. на 5-м Вселитовском съезде старообрядцев избран членом Духовной комиссии при Центральном Старообрядческом Совете Литвы, на 7-м съезде (1934) - председателем Духовной комиссии (1934-1938). А.Т. Панкратьев преподавал церковнославянский язык, Св. Писание, каноны и катехизис на Литовских старообрядческих духовных курсах в Каунасе (1931-1933). С 1932 г. был военным капелланом. Автор поучений и слов, некоторые из которых были опубликованы в журнале "Китеж-Град". В их числе - назидательная проповедь "Подражатели гергесинцам". Это дидактическое выступление против распространенных неподобающих поступков и пороков времени - непосещения храмов, нарушения тишины во время богослужения, недостойных способов выражения несогласия с наставниками. Участник второго Межгосударственного совещания старообрядцев Литвы, Латвии, Польши и Эстонии, состоявшегося 12-14 апреля 1939 г. в Каунасе. В 1942-1944 гг. Панкратьев был членом президиума и секретарем (1942) Центрального Старообрядческого Совета в Литовской генеральной области. Скончался после 1944 г.