Родился около 1887 г. в с. Ужусоляй Ковенского уезда (Литва, тогда в составе Российской империи) в семье крестьянина. Окончил сельскую школу, учительскую семинарию в г. Паневежис (Литва). Вскоре начал работать учителем в с. Богдонищки (Литва). Поступил в Учительский институт в г. Вильно (ныне Вильнюс), но не успел закончить его из-за начала Первой мировой войны. В 1915 г. был эвакуирован вместе с Учительским институтом в Россию, затем призван на военную службу. Окончил военное училище в г. Полтава, откуда вышел в чине прапорщика армейской пехоты. После окончания пулеметных курсов в Ориенбауме получил чин подпоручика. С августа 1919 г. в течение 7 месяцев воевал в армии генерала А. Деникина, затем до 1 марта 1920 г. был интернирован вместе с полком в Польшу и вскоре вернулся в Литовскую республику. Некоторое время служил псаломщиком в православной церкви. 14 ноября 1921 г. был рукоположен в священнический сан. Служил священником Александро-Невской церкви в г. Ужусоляй (Ковенское благочиние Литовской епархии в юрисдикции Московской Патриархии). Принимал участие в деятельности Ковенского Свято-Никольского братства и Свято-Серафимовского похоронного благотворительного братства. Кандидат в члены епархиального совета Литовской епархии при архиепископе Елевферии (Богоявленском) (1923). С 1924 г. был избран членом епархиального совета Литовской епархии. С 1935 до июля 1940 гг. (т. е. до ликвидации института военных священнослужителей) занимался окормлением православных воинов Литовской армии. В 1940 г. возвратился в ужусольский Александро-Невский приход. 14 июня 1941 г. был арестован советскими властями. 18 сентября 1941 г. о. Стефан Семенов находился в Красноярском лагере в Сибири, а приговор по статье 58-13 – 10 лет исправительно-трудового лагеря (ИТЛ) – был вынесен Особым совещанием при НКВД СССР только 2 января 1943 г. 16 марта 1948 года отборочная комиссия Спецотдела Красноярского ИТЛ направила о. Стефана Семенова в «Особый» лагерь НКВД. К 25 ноября 1950 года о. Стефан был полным инвалидом, о чем говорилось в справке о его медицинском обследовании, приобщенной к «Делу» (Дело П-13752-ЛИ в Особом архиве Литвы). 22 февраля 1951 года был освобожден и направлен в дом инвалидов в один из отдаленных районов Советского Союза под присмотром МГБ. Скончался в безвестности, на чужбине. Место упокоения неизвестно.

Летом 1989 г. реабилитирован.