Родился 19 января 1867 г. в г. Цюрих (Швейцария) в семье американского методистского пастора нидерландского происхождения. Окончил теологическую семинарию Дрю в г. Медисон (шт. Нью-Джерси, США) (1887-1890), Центральный Веслианский колледж в г. Файетт (шт. Миссури, США) (1893), учился в Берлинском и в Галльском университетах в Германии. В 1896 г. женился на Луэлле Элизабет Штретер (Luella Elizabeth Stroeter). Пастор Методистской Епископальной Церкви (МЕЦ) (1889). Служил в церквях МЕЦ в штатах Миссури и Миннесота (США). Преподаватель семинарии, богослов. С 1890 по 1892 гг. преподаватель колледжа св. Павла в г. Сент-Пол-Парк (шт. Миннесота, США), с 1894 по 1899 гг. преподаватель Центральный Веслианский колледж в г. Файетт (шт. Миссури). В 1899 г. был приглашен на кафедру профессора экзегетики в Немецком Уоллас Колледже в г. Бери (Berea) (шт. Огайо, США). Через три года, в 1902 г., кафедра была переведена в теологическую семинарию Наст. Доктор богословия (1903). Дж.Л. Ниелсон занимался преподавательской деятельностью до 1908 г. Епископ Методистской Епископальной Церкви (МЕЦ) (1908). До 1912 г. руководил епископским округом МЕЦ в г. Омаха (шт. Небраска, США), затем был направлен на служение в Европу с местопребыванием в Цюрихе. Занимался служением МЕЦ в Европе до своей отставки в 1940 г. (До 1920 г. в Европейский епископский округ МЕЦ входили Швейцария, Германия, Скандинавия, Россия, Франция, Испания, Италия и Австро-Венгрия. В 1920 г. округ был разделен на 3 части: Стокгольмский, Парижский и Цюрихский округа. Епископ Джон Ниелсен руководил Цюрихским округом). Он активно занимался миссионерской и экуменической деятельностью, принимал активное участие в работе с русскими эмигрантами. В 1920-х гг. был избран членом методистского "Совета по образованию для русской церкви". В начале 1290-х гг. посещал Россию, встречался со св. Патриархом Тихоном (Белавиным) и присутствовал на православном богослужении в Донском монастыре в Москве. Одновременно был членом попечительского совета (Trustee) теологической семинарии Дрю. С 1940 г. пребывал на покое. Скончался в 1946 г.