Родился в 1959 году в г. Чикаго (шт. Иллинойс, США) и был крещен в Епископальной Церкви. Позднее семья переселилась в Калифорнию, в город Ла-Джолла близ Сан-Диего. В 1978 году Джеймс Паффхаузен, тогда студент Калифорнийского университета в Сан-Диего, принял православие. Позднее он был переведен в Калифорнийский университет в Санта-Круз, где принимал активное участие в создании православного сообщества. Завершив учебу в университете, Дж. Паффхаузен продолжил образование в Свято-Владимирской семинарии в г. Крествуд (шт. Нью-Йорк). Получил степень магистра богословия в 1985 году и магистра теологии в области догматики – в 1988 году. Работал над диссертацией на соискание ученой степени доктора философии в Graduate Theological Union в Беркли. Около года пребывал в России, где сотрудничал с Издательским отделом Московского Патриархата. В 1994 году был рукоположен во диакона, а затем во пресвитера; в 1995 году пострижен в монашество с именем Иона в Свято-Тихоновском монастыре в г. Саут-Канаан (шт. Пенсильвания, США). По возвращении в Калифорнию служил в нескольких миссиях, а позднее основал монастырь в честь святителя Шанхайского и Сан-Францисского Иоанна (Максимовича). Обитель, первоначально находившаяся в г. Пойнт-Рейес-Стейшн (штат Калифорния), была позднее перемещена на север штата, в г. Мэнтон близ Реддинга. Служение в монастыре совмещал с трудами по основанию миссионерских общин в калифорнийских городах Мерсед, Сонора, Чико, Эврика, Реддинг, Сьюзенвилл, а также в городе Кона на Гавайских островах. Весной 2008 г. был возведен в сан архимандрита, получив послушание покинуть монастырь для исполнения обязанностей викария (?) (благочинного (?)) епархии Юга США и одновременно – епархиального секретаря. 1 ноября 2008 г. был хиротонисан во епископа Форт-Уортского, викария Южной епархии Православной Церкви в Америке. В ноябре 2008 г. на XV Всеамериканском Соборе в г. Питтсбург (шт. Пенсильвания, США) избран Архиепископом Вашингтонским и Нью-Йоркским, Митрополитом всея Америки и Канады.