История создания Института имени Н. П. Кондакова в Праге (Чехословакия) связана с деятельностью выдающегося историка церковного искусства Никодима Павловича Кондакова (1844 - 1925). Эмигрировав в 1922 г. в Прагу, он начал читать в Пражском Карловом университете курс лекций о роли восточноевропейских славянских и кочевых народностей в истории образования общеевропейской культуры, по истории античного быта и культуры и по проблемам орнамента.
Н. П. Кондаков воспитал значительное количество учеников, которыми в 1925 г. был создан в Праге "Семинарий имени Н. П. Кондакова" (Seminarium Kondakovianum), переименованный в 1931 г. в "Археологический институт имени Н. П. Кондакова".
Институт издавал "Сборники статей по археологии и византиноведению" и "Анналы" (до 1940 г. было опубликовно 11 выпусков научных трудов института). Главной задачей института была публикация рукописного наследия Кондакова, изучение древнерусского искусства, педагогическая деятельность. Институт просуществовал до 1952 г.